マラソンで最も注意しなければならないのは脱水症状です。特に暑い季節は、熱中症を引き起こす原因になるので気を付けなければなりません。運動時に脱水症状が起きやすいのは、上昇した体温を調節するために発汗することによって体内の水分が大量に失われるからです。血管内の水分が減少し、体内を循環する血液量が減少することで血圧が低下し、その結果、疲労感や立ちくらみ、失神などの症状が起きます。また、発汗で電解質（塩分）が失われることによって筋肉がけいれん（熱けいれん）を起こしやすくなります。

マラソンレース中は水分不足だけでなくエネルギー不足も心配しなければなりません。レース中にエネルギー切れが起こると、血糖値が極端に下がることによって身体が動かなくなったり、思考力がにぶくなったりする「ハンガーノック」という症状になることがあります。脱水症状は気温が15度以上になると発症しやすくなるのに対して、ハンガーノックは、体温維持に大量のエネルギーを消費する寒い時期に起きやすいのが特徴です。

寒い季節のレースでは低体温症にも注意が必要です。特にレース後半、走るペースが遅くなり運動で発生する熱量よりも外気温に奪われる熱量のほうが大きくなると、身体の深部体温が下がり、体の機能が低下します。向かい風が強いときや雨や雪でウェアが濡れてしまったときも低体温症を起こしやすくなるので要注意です。

長丁場のマラソンを走っていると、様々な痛みが出てくることがあります。特に多いのは膝、足首、かかとなどの脚の痛みです。膝の痛みは主に脚の筋力不足が原因で発生します。地面に着地するとき、脚は大きな衝撃を受けますが、脚の筋肉がある程度発達していないと、その衝撃を上手に受け止めることができません。ランニングフォームの崩れも痛みを引き起こします。

患部は小さくても走りに大きな影響を及ぼすのがマメです。マメは足の皮膚とシューズとがこすれあう摩擦熱によって生じるやけどの一種です。皮膚が赤くなるのが初期段階で、症状が進めば皮膚の下に液体がたまって水泡ができ、その後水泡が破れます。マメができると、マメのできていない側の脚に重心をかけるなどフォームが乱れやすくなり、結果的に膝や足首への負担が大きくなり、思わぬ故障を引き起こすおそれがあります。